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我国畜牧业发展正处于加快转型的关键时期，产业发展内部遇到的困难和矛盾与外部环境的制约相叠加，畜牧业可持续发展面临不少挑战与压力。
从产业内部看，一是生产方式比较落后。尽管这些年来农村散养户退出步伐较快，但散养户和规模户仍是畜禽养殖的主体，畜牧业规模化、标准化水平整体仍然偏低。虽然肉鸡规模化程度相对很高，但约97%的养殖户年出栏在2000只以下。
二是现代畜禽种业体系建设滞后。生猪、奶牛、家禽、牛羊等主要畜禽良种大多依赖国外进口，自主育种能力亟待提升，以市场为导向、以企业主体、产学研相结合的畜禽育种机制尚未形成，畜禽单产水平与发达国家差距比较大。
三是支持保护政策框架体系不健全。2007年以来，国家集中出台了标准化规模养殖、生猪调出大县奖励、良种补贴等一系扶持政策。但总体来看，畜牧业生产政策扶持体系还不完善，特别是对牛羊肉生产和畜禽种业的扶持力度相对较小，财政支持资金总量不足，难以满足生产发展的需要。
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